Program Magister Pendidikan Agama Islam bertujuan mencetak lulusan yang unggul, berkompeten, dan profesional dengan empat kompetensi utama. Pertama, kompetensi pedagogik mencakup pemahaman mendalam tentang karakteristik peserta didik, teori pembelajaran agama Islam, pengembangan kurikulum, pemanfaatan teknologi informasi dan komunikasi, evaluasi pembelajaran, dan refleksi untuk meningkatkan mutu pembelajaran agama Islam. Kedua, kompetensi kepribadian mencakup etos kerja produktif dan penghormatan terhadap etika profesi dalam pengajaran agama Islam. Ketiga, kompetensi sosial melibatkan sikap inklusif, objektif, empatik, serta kemampuan berkomunikasi efektif dalam konteks tugas keguruan agama Islam. Keempat, kompetensi profesional mencakup pemahaman mendalam tentang ilmu agama Islam, pengembangan materi yang kreatif dan inovatif, serta upaya berkelanjutan untuk meningkatkan profesionalisme dalam pengajaran agama Islam.